Instytut od 2014 roku jest sygnatariuszem Kodeksu Etyki Organizacji Pacjentów a w 2022 roku przyjął Kartę Zasad Dobrego Zarządzania. Zgodnie z przyjętymi regulacjami Instytut w swoich działaniach kieruje się zasadą rzetelności i uczciwości w szczególności mając na względzie jawność i przejrzystość. W ramach prowadzonej współpracy z podmiotami publicznymi, społecznymi czy prywatnymi, współpraca ta opiera się na zasadzie wzajemnego poszanowania misji, zadań oraz zobowiązań każdego z podmiotów wyrażonej w ich statutach, kodeksach i regulacjach oraz na zasadzie niezależności. Współpraca prowadzona z innymi organizacjami pacjentów jest prowadzona na zasadach partnerstwa i wzajemnego wspierania się w realizacji swoich działań a w sytuacjach, gdy zachodzi konflikt uznawanych wartości, działania podejmowane są przy zachowaniu zasad tolerancji i uznania prawa innych do posiadania odmiennego zdania.
Instytut we współpracy zobowiązany jest do wzajemnego poszanowania dóbr osobistych w szczególności wizerunku, prywatności oraz poufności.
Instytucje i przemysł farmaceutyczny nie mogą wykorzystywać swojej przewagi prawnej i finansowej, lecz współpracować z organizacjami jako społecznymi ekspertami i rzecznikami interesów pacjentów. Zasady i zakres współpracy organizacji pacjentów z przemysłem farmaceutycznym znajdują się na stronie: https://www.infarma.pl/o-infarmie/wsparcie-organizacji-pacjentow/
